Les tissus congelés sont généralement simplement montés dans un bloc OCT après fixation et cryoprotection. Pour les tissus fixés au formol qui seront inclus dans des blocs de paraffine (tissus FFPE), nous traitons le tissu par des alcools et des xylènes gradués pour la déshydratation, suivie d'une infiltration en paraffine. Nous utilisons un processeur de tissus automatisé qui traite un grand nombre d'échantillons de tissus et assure un traitement cohérent.

Les tissus déshydratés et infiltrés de paraffine fournis par notre processeur de tissus automatisé sont ensuite inclus dans des blocs de paraffine. Nous utilisons une station d'inclusion en paraffine pour orienter correctement les tissus dans les moules, puis nous remplissons les moules avec de la cire de paraffine dont le point de fusion et la dureté sont appropriés pour faciliter le sectionnement de haute qualité des tissus et les colorations ultérieures.

Nous utilisons des microtomes numériques pour la coupe des tissus. Ces instruments très précis permettent de réaliser des coupes d'une grande variété d'épaisseurs.  Pour les tissus FFPE, nous sectionnons généralement à une épaisseur de 5 µm. Nous couplons nos microtomes avec des étages de refroidissement/congélation. Cette stratégie nous permet non seulement de couper rapidement les tissus FFPE, mais aussi d'obtenir une excellente configuration pour la coupe de tissus congelés. Nous coupons généralement les tissus congelés à une épaisseur de 20-30 µm.