La cytométrie en flux est une technologie qui permet de mesurer et d'analyser simultanément plusieurs caractéristiques physiques de cellules individuelles, qui circulent dans un flux de liquide à travers un ou plusieurs faisceaux laser.

La taille relative de la cellule, sa complexité interne relative ou granularité, et l'intensité relative de la fluorescence sont les propriétés mesurées par un cytomètre de flux. Ces caractéristiques sont déterminées à l'aide d'un système de couplage optique-électronique qui enregistre la façon dont la cellule diffuse la lumière laser incidente et émet de la fluorescence. Une fois les données collectées, elles peuvent être affichées sous forme de graphiques ou d'histogrammes, et des statistiques peuvent être générées.

Une application courante de la cytométrie de flux est l'évaluation de l'expression des récepteurs de la surface cellulaire, également connue sous le nom d'immunophénotypage.