Cette illustration donne un aperçu général des différentes étapes de notre processus. En bref, des coupes de tissus cérébraux immunofluorescents à haute résolution colorées pour l’β-amyloïde, l’Iba-1, la GFAP et contre-colorées avec DAPI sont acquises à l’aide d’un scanner numérique de lames entières.

Nous commençons par mesurer la densité de coloration de chaque canal indépendamment à l’aide d’un seuillage local. Les canaux DAPI et Iba-1 sont ensuite utilisés pour identifier et délimiter les microglies individuelles, et un algorithme de vision par ordinateur est utilisé pour classer l’état d’activation de chaque microglie en fonction des caractéristiques morphologiques de la cellule. Les plaques β-amyloïdes sont segmentées à partir du canal amyloïde. Les plaques segmentées sont développées de manière itérative pour établir automatiquement le microenvironnement local et distant de la plaque.

Enfin, nous analysons la microgliose et l’astrogliose à la fois dans le microenvironnement local des plaques et à distance des plaques en fonction de la progression de la maladie.